次亜塩素酸そのものは、人体内で胃酸によって塩化水素、すなわち胃酸自体の主成分に変化し、水道水では含まれる量も少ないことから、これを飲み続けてもまず害はない。
クリプトスポリジウムなど次亜塩素酸に強い一部の原虫は、1996年に埼玉県入間郡越生町で発生した水道水による集団感染をきっかけに注目され、浄水器の普及を促す要因のひとつとなった。しかしその後、全国の浄水場で原虫に対する管理（濁度0.1度以下）が徹底されるようになったため、最近の日本の水道水ではまず混入はないと考えられる。
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のぎく健康ワンポイント
河川水中に生育する一部の藻類や菌類によって生じるゲオスミンなどの物質は、浄水場の次亜塩素酸処理で除去しきれずに水道水に混入することがあり、人間の鼻はこの臭いに鋭敏でいわゆるカビ臭として認識されるため、これを取り除くことも浄水器の目的とされる。ただ、こうした物質は水道水に含まれる程度の量ではまず人体に無害であり、また最近では浄水場でオゾン処理などのカビ臭対策が普及してきているため、問題にされることは少なくなってきている。
欧米で家庭用浄水器が発達した主な理由は、大陸で河川の長さが日本よりも長いため、水道水に炭酸カルシウムや炭酸マグネシウムなど地表に広く存在する物質が大量に溶け込んでおり（これを「硬度が高い」「硬水である」と言い表す）、これによって料理の味が変わったり、場合によっては直接飲用すると下痢などの症状を起こすためである。